Diferencias entre el anime y el manga

-Desde el principio, en el anime censuran la ropa interior que se ve en el manga y reducen los contornos de las féminas.
-En el primer tomo del manga, los dibujos de los keronenses son diferentes, son más pequeños y algo más regordetes.
-También, una de las mayores diferencias, es que en el anime aparecen rápidamente todos los keronenes y enseguida están juntos en todos los episodios, mientras que en el manga, tardan más en salir y hay capítulos en los que difieren enormemente con el anime, ya que falta alguno.
-En el primer capítulo, como no tiene la Kerobola, amenaza a Natsumi con un cuchillo y a Doña Mama con una sierra japonesa, mientras que en el anime usa la Kerobola.
-Cuando Fuyuki se lleva la Kerobola de Keroro, en el manga la prueba en un parque, mientras que en el anime la prueba en el tejado del colegio.
-Cuando Aki Hinata aparece por primera vez en el manga, un pervertido intenta tocarle el culo en el tren, mientras que en el anime esta escena no aparece.
-Cuando Momoka habla con Fuyuki la primera vez, en el manga lo hace en el patio del colegio y en el anime lo hace en el pasillo del colegio, después de esperar a que saliese del aula.
-Cuando Keroro salva a Momoka de un Tamama-Impacto, en el manga simplemente le tira una descarga con la Kerobola, en el anime hace que caigan unas cosas del cielo.
-Cuando le da la habitación exclusiva al Sargento, en el anime Natsumi desconocía el porqué de esa habitación y se lo cuenta todo la madre, mientras que en el manga es Natsumi la que cuenta el porqué de esa habitación.
-En el manga, Tamama amenaza a Natsumi diciendole que no se meta con su Sargento, mientras en el anime no le dice nunca nada, solo se enfada.
-En el manga, Momoka y Fuyuki hacen la primera reunión en su casa sin que Tamama y Keroro les molesten y sin que ella esté intentando llamarlo por su nombre de pila, que es lo que intenta hacer en el anime, mientras Tamama y Keroro le ponen la zancadilla.
-En el manga, Fuyuki a Momoka le pregunta por que renunció a ir al colegio Kisshō.
-En el manga, muestran la página web del Sargento: Poesía y violencia: La habitación del Sargento
-Cuando espían el Sargento, en el manga Tamama le ayuda mientras que en el anime se las apaña él solo.
-Cuando el Sargento sufre por primera vez una borrachera de humedad, en el manga es provocada por la lluvia y aprovecha para enfrentarse a los Hinata, pero es parado por Fuyuki.Mientras que en el anime, es provocada por un exceso de humedad en su habitación por unas máquinas humidificadoras llevadas por Tamama y Giroro, y al final, es simplemente absorbido por un Niororo.
-Cuando Momoka se lleva a los Hinata a la playa y se hace la ahogada, en el manga la rescata Natsumi, mientras que en el anime es Paul.
-Cuando aún siguen de vacaciones en la playa tropical y es de noche, en el anime como está Giroro, son éste y Paul quienes asustan a todos sin querer, pero en el manga, como no está, aparece el fantasma de un viejo soldado que se hace amigo de Keroro y Tamama.
-Cuando aparece Angol Mois, en el manga se la encuentra Fuyuki en un parque y se la lleva a casa, en el anime cae del cielo sobre el tejado de los Hinata